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尽管说出来吧。”当时陈友谅正攻陷太平，谋求东下，势力发展极快。朱元璋手下有人建议投降，有的建议逃往钟山，只有刘基瞪着双眼不说话。朱元璋便将他召入内室，刘基愤然说道：“主张投降或逃走的，应该斩首。”朱元璋便问：“先生有什么计策？”刘基回答：“陈贼已骄，我们可以待其深入，伏兵拦击，将其打败，这很容易啊。天道后举者胜，取威制敌以成王业，就在此举了。”朱元璋采用了他的计策，引诱陈友谅军到来，然后大败之。朱元璋以克敌之功赏赐刘基，刘基推辞不受。不久陈友谅军复陷安庆，朱元璋打算亲自率军征讨，以此询问刘基，刘基极力赞成，于是朱元璋率军进攻安庆。从早晨到暮色降临，仍未攻下，刘基请求直趋江州，直捣陈友谅的巢穴，于是全军西上。陈友谅始料不及，只得带领妻子儿女逃往武昌，江州遂降。其龙兴守将胡美派他的儿子前来表示投降的诚意，请求朱元璋不要解散他的部队，朱元璋面有难色，刘基从背后踢胡床暗示，朱元璋顿时醒悟，应允了胡美的要求。胡美遂降，江西诸郡全被攻下。
刘基丧母时，正值战事紧张，故未敢说，直到这时才请求还乡为母亲举行奠礼。恰好又逢苗军反叛，杀金华、处州守将胡大海、耿再成等，浙东形势动摇。刘基赶到衢州，首先为守将夏毅安抚诸属城，再与平章邵荣等谋划恢复处州，于是平定叛乱。方国珍一向害怕刘基，便致信刘基，对其母去世表示悼唁。刘基给方国珍回信，向他表明朱元璋的威德，方国珍于是向朱元璋进贡。朱元璋多次写信到刘基家询问军国大事，刘基都逐条地详细作答，都能切中要害。不久，刘基返京，朱元璋正要亲自率军支援安丰，刘基劝说道“：汉、吴都在伺机进攻，我们现在不可轻举妄动。”朱元璋不听劝告。而陈友谅知道这个情况后，乘机率军围攻洪都，朱元璋这才说道：“我没听你的意见，险些误失大计。”然后亲自带兵援救洪都，与陈友谅大战于鄱阳湖，一天交战数十次。朱元璋坐在胡床上督战，刘基随侍身旁，忽然跃起大呼，催促朱元璋赶快转移到别的船上去。朱元璋仓促转移到另一小船上，还未坐定，飞炮便将他原来所乘御船击得粉碎，站在高处的陈友谅见御船被毁，大喜。而朱元璋所乘之船只进不退，汉军都大惊失色。当时湖中战斗相持了三日，未决胜负，刘基请求移军湖口以扼住汉军出口，在金木相克的这一天与陈友谅军决战。结果，陈友谅战败，在逃跑途中毙命。其后朱元璋打败张士诚，北伐中原，终于完成帝业，其战略正像刘基筹划的那样。
吴元年(1367)，朱元璋以刘基为太史令，刘基呈上戊申大统历。荧惑星出现在心宿位，预示有兵灾祸乱，刘基请求朱元璋下诏罪己。天大旱，刘基请求处理久积冤案，朱元璋便当即命令刘基予以平反，大雨也就从天而降。刘基趁机请求建立法制，防止滥杀现象。朱元璋这时正要处决囚犯，刘基便问是什么原因，朱元璋将自己所做的梦告诉他。刘基说：“这是获得疆土和百姓的吉象，所以应当停刑等待。”三日之后，海宁归降，朱元璋很高兴，就将囚犯全部交给刘基释放了。不久，又授刘基为御史中丞兼太史令。
朱元璋即皇帝位后，刘基上奏制定军卫法。当初确定处州税粮时，仿照宋制每亩加五合，唯独青田县除外，太祖这么说道“：要让刘伯温家乡世代把此事传为美谈。”太祖巡幸汴梁时，刘基与左丞相李善长一起留守京城。刘基认为宋、元两朝都因为过于宽纵而失天下，所以现在应该整肃纲纪，于是便下令御史检举弹劾，不要有任何顾忌，宿卫、宦官、侍从中，凡犯有过错的，一律奏明皇太子，依法惩治，因此人人都畏惧刘基的威严。中书省都事李彬因贪图私利，纵容下属而被治罪，李善长一向私宠李彬，故请求从宽发落，刘基不听，并派人骑马速报太祖，得到批准，刘基便在祈雨时，将李彬斩首。因为这件事，刘基与李善长开始不和。太祖返京后，李善长便向太祖告状，说刘基在坛土遗下杀人，是不敬之举。那些平时怨恨刘基的人也纷纷诬陷刘基。当时正逢天旱，太祖要求诸臣发表意见，刘基上奏说：“士卒亡故者，他们的妻子全部迁往他营居住，共有数万人，致使阴气郁结。工匠死后，腐尸骨骸暴露在外，将投降的吴军将吏都编入军户，便足以协调阴阳之气。”太祖采纳了他的意见，但十天过后仍不见雨，故而发怒。此时恰好刘基的妻子死了，所以刘基请求告辞还乡。太祖正在营造中都，又积极准备消灭扩廓。刘基临走上奏说“：凤阳虽是皇上的故乡，但不宜作为建都之地。王保保不可轻视。”不久，定西之役失利，扩廓逃往沙漠，从那时起一直成为边患。这年冬天，太祖亲自下诏，叙说刘基征伐之功，召他赴京，赏赐甚厚，追赠刘基的祖父、父亲为永嘉郡公，并多次要给刘基进爵，刘基都固辞不受。
当初，太祖因事要责罚丞相李善长，刘基劝说道“：他虽有过失，但功劳很大，威望颇高，能调和诸将。”太祖说：“他三番两次想要加害于你，你还设身处地为他着想？我想改任你为丞相。”刘基叩首说道“：这怎么行呢？更换丞相如同更换梁柱，必须用粗壮结实的大木，如用细木，房屋就会立即倒坍。”后来，李善长辞官归居，太祖想任命杨宪为丞相，杨宪平日待刘基很好，可刘基仍极力反对，说：“杨宪具备当丞相的才能，却没有做丞相的气量。为相之人，须保持像水一样平静的心情，将义理作为权衡事情的标准，而不能搀杂自己的主观意见，杨宪就做不到。”太祖又问汪广洋如何，刘基回答：“他的气量比杨宪更狭窄。”太祖接着问胡惟庸，刘基又回答道：“丞相好比驾车的马，我担心他会将马车弄翻。”太祖于是说道“：我的丞相，确实只有先生你最合适了。”刘基谢绝说：“我太疾恶如仇了，又不耐烦处理繁杂事务，如果勉强承担这一重任，恐怕要辜负皇上委托。天下何患无才，只要皇上留心物色就是了。目前这几个人确实不适合担任丞相之职。”后来，杨宪、汪广洋、胡惟庸都因事获罪。三年(1370)，太祖授刘基为弘文馆学士，十一月，大封功臣，又授刘基为开国翊运守正文臣、资善大夫、上护军，封诚意伯，食禄二百四十石。第二年，赐刘基还归家乡。
太祖经常写信给刘基，询问天象，刘基都非常详细地逐条回答，然后将其草稿烧掉。刘基大致说，霜雪之后，必有阳春，现国威已立，应当稍微采用宽大政策来治理天下。刘基辅佐太祖平定天下，料事如神。他性情刚烈，疾恶如仇，经常与人发生冲突。直到现在他才隐居山中，只是饮酒下棋，从不提起自己的功劳。县令求见，被刘基拒绝，于是便穿着便服，装成乡野之人去见刘基，刘基当时正在洗脚，便让堂侄将他引入茅舍，以黄米饭招待。县令这时才告诉刘基“：我是青田知县啊。”刘基大惊，马上起身称民，然后谢罪离去，终不相见。刘基的行踪如此秘密，最终还是被胡惟庸中伤陷害。
最初，刘基说瓯、括之间有一块空地叫谈洋，南抵闽界，是盐盗的巢穴，方氏便是由此作乱的，故请设巡检司守卫，奸民为乱便不那么方便了。时逢茗洋逃兵反叛，官吏都匿而不报，刘基便令长子刘琏将此事上奏，但未先通报中书省。胡惟庸当时正以左丞相的身份主管中书省，对以前与刘基的过节怀恨在心，于是便派手下官员攻击刘基，说谈洋这个地方有帝王之气，刘基想将它作为自己的墓地，因为当地百姓不答应，刘基便请求设巡检司将百姓赶走。太祖虽然没有加罪于刘基，但颇为这些言论所打动，因而剥夺了刘基的俸禄。刘基心中害怕，入朝谢罪，然后呆在京城，不敢返乡。不久，胡惟庸当了丞相，刘基悲叹道“：若是我的话不应验的话，那便是苍生之福了。”遂因忧愤交加而发病。洪武八年(1375)，太祖亲自撰文赐给刘基，并派专人护送刘基返乡。到家后，病情加重，便将天文书授给长子刘琏，并说：“赶快送给皇上，千万不要让后人学习此书。”又对次子刘王景说：“为政之事，要宽猛交替。当今之务在于修养德行，减省刑罚，才能祈求上天保佑国运长久。那些战略要害之地，应当与京城遥相呼应，连成一体。我本想上奏一份遗表，但因胡惟庸当朝掌权，这么做毫无用处。有朝一日胡惟庸下台后，皇上必然要想起我，如果他向你问什么的话，便将我所说的密奏皇上。”回家仅住了一个月，刘基便去世了，终年六十五岁。刘基在京城生病时，胡惟庸曾派医生来给他治病，刘基吃了药后，腹中便出现了一个像拳头大的石头。后来中丞涂节首先揭发胡惟庸谋反一案，并且说是胡惟庸下毒将刘基害死的。
刘基满脸虬髯，相貌堂堂，慷慨而有大节，每当谈论天下大事，便义形于色。太祖知道他非常忠诚，对他委以心腹之任。每次召见刘基，都要避开他人进入内室，单独与刘基长时间密谈。刘基也自认为自己得不世之遇，所以在太祖面前知无不言。每到紧急危难关头，刘基总是勇气奋发，计策立定，人莫能测，闲暇之时，便敷陈为王之道，而太祖每次都洗耳恭听，常常称刘基为老先生而不叫他的名字，并说：“你就是我的张子房啊。”又说“：老先生多次以孔子之言来劝导我。”所以，太祖与刘基的帐中密语，世人所知不详，而世间所传为神奇的，大多只是一些阴阳风水之说，并非刘基的至理名言。刘基的文章气势浩大而奇妙，与宋濂同为一代宗师，他的著作有覆瓿集、犁眉公集流传于世。刘基有二子：刘琏、刘王景。
宋濂，字景濂，其祖先是金华潜溪人，到宋濂这一辈才迁至浦江。宋濂幼时聪敏，记忆力强，就学于闻人梦吉，精通五经，后又跟随吴莱学习。不久，又在柳贯、黄氵晋门下游学，他们两人都极推崇宋濂，自谓不如他。元至正年间，宋濂因举荐授为翰林编修，但他以父母年老为由坚辞不就，而到龙门山闭门著书。
十余年后，朱元璋攻取婺州，召见宋濂。当时婺州已改为宁越府，知府王显宗奉命开郡学，故聘请宋濂及叶仪为五经老师。第二年三月，由于李善长的举荐，宋濂与刘基、章溢、叶琛一起应征来到应天，授为江南儒学提举，奉命讲授太子经，不久又改撰起居注。宋濂比刘基大一岁，两人都起于江南，皆负重名。刘基雄健豪放，有奇才之气，而宋濂则自命为儒者。刘基在军中出谋划策，宋濂则以文学之长受到朱元璋的赏识，随侍朱元璋左右，作为顾问。太祖曾召宋濂讲解春秋左氏传，宋濂进言道：“春秋是孔子褒善贬恶的书，如能遵行，则赏罚公正适中，天下便可平定！”太祖御临端门，口释黄石公三略。宋濂说：“有了尚书二典、三谟，帝王所需大经大法便已经具备，但愿能留意而将其讲明。”不久，朝廷论功行赏，宋濂又说“：得天下以得人心为本。如果人心不固，尽管有许多的玉帛财富，又有什么用呢？”太祖认为他所说的全都有理。三月，宋濂请求返乡探亲，太祖及太子都对他备加慰劳、赏赐。宋濂上书谢恩，并致信太子，勉励他要孝友敬恭，进德修业。太祖看了这封信后十分高兴，立即传召太子，将信中内容告诉他。太祖还亲自赐信褒奖，答复宋濂，并令太子回信以示回报。随后宋濂便因父亲去世，服丧守制，守丧期满，即奉诏返京。
洪武二年(1369)，太祖下诏修元史，宋濂被任命为总裁官。当年八月书成，宋濂被授为翰林院学士。第二年二月，儒士欧阳佑等收集元朝元统年以后的事迹回京，太祖仍命宋濂等续修元史，六个多月后完成，太祖赐以金帛。当月，宋濂因上朝有误被参劾，降为编修。四年，升为国子司业，因考证孔子礼奏不及时而获罪，被贬为安远知县，旋即又被召回，任礼部主事。第二年升为赞善大夫。这时，太祖很留意文治，征召四方儒士张唯等数十人，选择其中一些年轻有才者，提升为编修，让他们进入宫中文华堂学习，以宋濂为老师。宋濂担任太子之师十余年，太子的一言一行，宋濂都要以礼法来劝导，使其归于正道；而有关政教及前代兴亡之事，宋濂必定会拱手说：“应当是这样，而不应当是那样。”每当这时，皇太子都非常严肃虚心地接受，而且对宋濂言必称师父。
当太祖剖符封功臣时，召宋濂前来商议怎样封五等爵位。宋濂住在大本堂，通宵达旦，引鉴汉、唐前例，择其适用部分奏报皇上。后来当上天屡降甘露时，太祖又问其中是否意味着有灾异或祥瑞，宋濂回答说：“天子不是受命于天，而是受命于人，美德的基础并不是祥瑞，而是仁义。春秋只记灾异，不书祥瑞，就是这个道理。”太祖的堂侄朱文正被定罪，宋濂说：“文正固然罪当死，但请陛下体谅他是你的亲人，还是把他发配到远方为好。”太祖到方丘祭祀，感到心绪不宁，宋濂从容说道：“养心莫过于寡欲，能够择善而行，那么便可以心境清静，身体平安。”太祖听后连连称赞有道理。太祖也常向宋濂询问帝王之学，并问哪些书最值得看，宋濂推荐大学衍义一书，太祖于是下令把这本书的内容用大字刻在大殿两边廊壁上。不久太祖亲临西廊，众大臣也都在场，太祖挑出衍义中司马迁论黄、老之学中的一段，让宋濂讲析。待宋濂讲完，太祖便说：“汉武帝沉溺于方技荒谬之说，一改汉文帝、景帝节俭之风，民力既已疲惫，而汉武帝还要用严刑来加以监督。如果为人之主能以仁义来治理民心，那么异端邪说就不会传播，而以学校来治理百姓的话，祸乱就不会发生，所以刑罚并不是要优先考虑使用的。”太祖又问三代国运及封疆大小，宋濂都详细作答，并说：“三代都是以仁义治天下的，故能国运长久。”朱元璋又问“：三代以前，人们读什么书呢？”宋濂回答说“：上古时还没有书籍，也没有人专门讲习学问，君主既治理百姓，也兼教育之责，自己以身作则，百姓自然就已接受了教育。”宋濂曾奉命作诗咏鹰，要在七步之内完成，其诗中有“自古戒禽荒”之言，太祖高兴地说：“这可是很好的进言啊！”宋濂随事朱元璋，一向忠诚，这些都是例子。
六年七月，宋濂升为侍讲学士，负责起草诰文，同修国史，兼赞善大夫。受命与詹同、乐韶凤修订日历，又与吴伯宗等编修宝训。九月，给散官定官阶职务。太祖任命宋濂为中顺大夫，想让他处理政事，宋濂推辞道：“臣无他长，只要能就近侍奉皇上就已经很满足了。”太祖对他愈加看重。洪武八年九月，宋濂跟随太子及秦、晋、楚、靖江四王到中都讲武。太祖获得地图濠梁古迹一卷，派人送给太子，并在图外题词，命宋濂访询，随处讲解。太子将地图拿给宋濂看，宋濂逐一举陈，随事劝说，对太子很有规劝告诫作用。
宋濂性情诚恳谨慎，长期在宫中为官，却从不攻击他人过失。他的住室，题名为“温树”如果有客人问起宫中情况，宋濂便将“温树”两字指给他看。有一次宋濂在家中与宾客一起饮酒，太祖派人暗中观察。第二天，太祖便问宋濂昨天喝酒没有，请了哪几位客人，吃些什么。宋濂一一如实回答。太祖笑道：“说得对，你没有欺骗我。”太祖闲时召宋濂询问群臣的善恶优劣，宋濂只是列举表现优良的大臣，并说：“善良的人与我交朋友，我了解他们，而对那些不善之人，我不了解他们！”主事茹太素上书万余言，太祖大怒，以此询问廷臣的看法。有的指着茹太素的上书说：“这是不敬，是诽谤，是违法。”太祖问宋濂，宋濂回答“：茹太素是尽忠于陛下的，陛下现在刚敞开言路，怎么能给他定以大罪呢？”不久，太祖翻阅茹太素的上书，觉得有不少可取之处，于是便将廷臣全部召来责问，并直呼宋濂的字说道：“若不是景濂，我几乎就要错误地加罪于上书言事的人了。”于是太祖又当场称赞宋濂说“：我听说最上等的是圣人，其次是贤人，再次为君子。宋景濂为朕效力十九年，从未说过一句假话，也从未讥讽别人的短处，始终如一，他岂只是君子，还真可以说是贤人了。”每当闲暇之时，宋濂来见，太祖都要下令设座上茶。每当早晨见宋濂，总要下令做膳招待，反复地向宋濂咨询，常常谈到夜半才作罢。宋濂不会饮酒，而太祖有一次硬让他喝了三觞，使他醉得行不成步，太祖见他这样，十分高兴，并亲自作楚辞一章，又下令词臣作醉学士诗。太祖又有一次将甘露调入汤中，亲手舀起来给宋濂喝，并说：“这种汤能治病，还可以益寿延年，我愿与你共享。”又下诏令太子赏赐宋濂良马，然后又亲自作白马歌一章，也命侍臣赋诗附和。宋濂所受恩宠便是如此。九年，宋濂晋升为学士，承旨负责起草诰书，仍兼赞善大夫。第二年，宋濂担任官职，太祖赐给他御制文集及绮帛，并问宋濂年纪多大了，宋濂回答：“六十有八。”太祖便说：“你若将此绮收藏三十二年，你就可以拿它来做一百岁时的衣服了。”宋濂顿首谢恩。又过了一年，宋濂来朝拜见。洪武十三年，宋濂的长孙宋慎因胡惟庸案获罪，太祖要将宋濂处死，由于皇后和太子全力相救，才将他安置到茂州。
宋濂相貌丰伟，满脸美髯，眼睛近视却很明亮，能在一粒黍子上面写几个字。从少到老，没有一天离开过书籍，对学问无所不通。宋濂文风淳厚而飘逸，可与古代作者媲美。在朝时，凡郊社宗庙、山川百神之典，朝会宴享、律历衣冠之制，四裔贡赋、赏劳之仪，旁及元勋巨卿碑记刻石之辞，都委托给宋濂负责。宋濂屡次被推为开国文臣之首。士大夫登门索要诗文者，接踵而至。甚至外国前来进贡的使者都知道宋濂的名声，多次问起宋先生日常起居及身体安康否。高丽、安南、日本甚至出双倍价收购宋濂文集。四方学者都称宋濂为“太史公”而不称其姓氏。宋濂虽以白发老者随侍朱元璋，其功业、爵位却比不上刘基，而一代礼乐制作，宋濂所裁定的居多。
第二年，宋濂逝于夔，终年七十二岁。知事叶以从将其葬于莲花山下，蜀献王仰慕宋濂大名，又将宋濂之墓移至华阳城东。弘治九年(1496)，四川巡抚马俊上奏说：“宋濂是了不起的大学者，述作可师，又辅佐帝业，功昭绩著，却死在远戍之地，时间已久，坟墓都已败落，乞请皇上体恤审察。”于是，孝宗便将此事下到礼部商议，恢复宋濂原官职，每年春秋两季在其所葬之地举行祭祀。正德年间，又追封谥号文宪。
在宋濂儿子中，次子宋王遂最为有名，宋王遂字中珩，善于作诗，尤精于书法，洪武九年(1376)，因为宋濂的缘故，被召为中书舍人，宋濂兄长之子宋慎也为仪礼序班。太祖曾多次测试宋王遂与宋慎，并教育、告诫他们，并笑着对宋濂说“：你为朕教育太子及诸王，朕也教一教你的子孙吧。”宋濂步行艰难，太祖总要让宋王遂、宋慎搀扶着他。宋濂一家，祖孙父子，同在内廷为官，众人都觉得这是很荣耀的事。宋慎获罪，宋王遂也被牵连，两人都被处死，家属也全被迁往茂州。建文帝即位后，追念宋濂兴宗旧学，便召宋王遂之子宋怿到翰林院做官。永乐十年(1412)，宋濂之孙因是奸党郑公智的外亲，被牵连获罪，永乐帝下诏特赦了他。
叶琛，字景渊，丽水人。博学有文才。元末跟随石抹宜孙驻守处州，出谋划策，捕杀山寇，授为行省元帅。王师攻下处州，叶琛避逃建宁。因被推荐征召而至应天，授为营田司佥事。不久，升迁洪都知府，辅佐邓愈镇守洪都。祝宗、康泰反叛，邓愈逃脱，叶琛被捉，始终不屈，并且大骂，死于洪都。被追封为南阳郡侯，在耿再成祠内塑像，后在功臣庙中祭祀。
章溢，字三益，龙泉人。出生之时，哭声如钟。二十岁时，章溢与胡深一起师从王毅。王毅，字叔刚，是许谦的门生，在家乡教书，讲解经义，听者大多感悟。章溢跟随他到处游历，有志于圣贤之学，天性孝顺、友爱。章溢曾游历金华，元宪使秃坚不花对他以礼相待，秃坚不花调任秦中，要章溢与他同行。至虎林时，章溢心中动摇，告辞回乡。回乡八日后父亲去世，尚未殓葬，大火焚烧其屋。章溢拍着额头吁求上天，果然大火烧至放置棺材之处时熄灭。
蕲、黄侵犯龙泉，章溢的堂侄章存仁被捉，章溢挺身而出，对寇贼说道“：我哥哥只有一个儿子，我宁愿代替他。”贼寇一向听说章溢的名声，想招降他，便将他绑在柱子上，章溢毫不屈服。到夜间哄骗守贼，脱身而归，召集同乡百姓组成义兵，击败贼寇。府官随即率军而来，要杀尽有牵连者。章溢前去劝说石抹宜孙说“：贫苦百姓是迫于饥寒，为什么要处死他们呢？”石抹宜孙觉得他的话有理，便下令止兵，并将章溢留在幕下。章溢随军平定庆元、浦城盗贼，被授为龙泉主簿，章溢推辞不受，返回故乡。石抹宜孙驻守台州时，被贼寇包围。章溢率领乡兵前往救援，击退贼寇。不久，贼寇攻陷龙泉，监县宝忽丁逃跑，章溢与其老师王毅率领壮士击走贼寇。宝忽丁返回后，心有所愧，杀死王毅而反。当时章溢正在石抹宜孙幕府，获悉此事，迅速赶回，偕同胡深捉杀首恶，并趁机引兵平定松阳、丽水诸寇。长枪军进攻婺州，听说章溢军至，使撤兵离去。论功之时，章溢被授为浙东都元帅府佥事。章溢却说“：我所率都是故乡子弟，他们肝脑涂地，而我却独取功名，我不忍心啊。”因此坚辞不受。章溢将义兵交托其子章存道，自己退隐匡山。
明军攻克处州，章溢避入闽境。后来太祖诚心聘请，章溢与刘基、叶琛、宋濂一同来到应天。太祖慰问刘基等说：“为了天下，委屈四位先生了。如今天下纷乱，何时才能平定呢？”章溢回答说：“天道无常，只有恩德方能辅助成功，只有不嗜杀人者才能一统天下。”太祖觉得他的话颇有远见，任命他为佥营田司事。章溢巡行江东、两淮田地，根据户籍确定税额，这对百姓十分有利。章溢因久病休假，太祖知道他想念家母，便给予厚赐，让他回乡，而将其子章存厚留在京城。浙东设提刑按察使时，太祖命章溢为佥事。胡深出师温州，章溢受命驻守处州，供应粮饷，而百姓不觉烦劳。山贼来侵，章溢率军将其击走。晋升为湖广按察佥事。当时荆、襄初定，废地很多，章溢建议派兵屯田，并且以此控制北方。太祖听从了他的提议。当时浙东按察使宋思颜、孔克仁等因失职被捕，供词中牵涉到章溢。太祖为此派太史令刘基前去对章溢传达旨意，说：“我向来知道章溢守法，不要有疑虑。”
恰逢胡深进入福建，全军覆没，而处州动摇，太祖命章溢为浙东按察副使前往镇守。章溢觉得自己涉罪而受到宽恕，不应迁升，因此推辞副使之职，仍任佥事。章溢到处州后，宣布诏令，处死叛首，余党全被平定。章溢召集旧部义兵分布要害之处。贼寇侵犯庆元、龙泉，章溢排列木栅严加防御，贼寇不敢来犯。浦城守军缺乏粮食，李文忠欲将处州粮食运去。章溢认为车船不通，而军中所掠粮食颇多，请求充公平均供给，于是浦城军粮充足。温州茗洋贼寇为患，章溢命其子章存道前往搜捕斩首。朱亮祖攻取温州时，军中抢掠百姓子女颇多，章溢将他们全部放归。吴地平定后，太祖下诏命章存道驻守处州，而召章溢入朝觐见。太祖对群臣说：“章溢虽是儒臣，但他们父子效力一方，寇贼全被平定，其功劳不在诸将之后。”又问章溢应派哪位将领前去征伐福建。章溢回答说“：汤和取海路、胡美由江西前去征讨，必定胜利。但李文忠在福建尤其有威信，如果命李文忠从浦城攻取建宁，将是万全之计。”太祖当即按章溢的策划，下诏命李文忠出师。处州军粮旧额为一万三千石，战事兴起后加至以前的十倍。章溢向丞相建议，恢复了旧额。浙东建造海船，在处州征求巨木。章溢说道：“处州、婺州相交之处，山岩峻险，纵然有木材，从什么路运出去呢？”因而告诉行省停办此事。
洪武元年(1368)，章溢与刘基同被授予御史中丞兼赞善大夫。当时廷臣窥探皇帝的意图，办事大多严厉苛刻，唯独章溢能持大体。有人因此劝说他。章溢却说“：宪台为百司的仪表，应当教人懂得廉耻，岂能以相互攻讠干抨击为能呢？”太祖亲自去祭祀社稷，却遇上了大风雨，回来之后坐在外朝，怒说礼仪不合，以致变天。章溢委婉说明自己无罪，太祖才宽恕了他。李文忠征伐福建，章存道率所部乡兵一万五千人随往。福建平定后，太祖下诏命李存道率所部从海路北征。章溢坚持不可，说：“乡兵都是农民，曾允诺让他们在福建平定后回乡务农，现在又调去北征，这是不讲信用啊。”太祖听后不悦。章溢不久又奏道“：已经进入福建的乡兵，让他们返回故乡。而对那些过去曾是叛逆的百姓，应当征召为兵，命其北上，这样便可一举两得，恩威并显。”太祖高兴地说“：谁说儒者迂远而不切实际呢？没有先生一行，便无人能办此事。”章溢行至处州时，恰逢母亲去世，请求回乡居丧守孝。太祖不许。乡兵聚集之后，章存道受命由永嘉出发，由海路北上，章溢再次奏请回乡守丧。太祖下诏答应其请求。章溢悲戚过度，殓葬时又亲自背运土石，终也染病去世，终年五十六岁。太祖悲痛哀悼，亲自撰文，到章溢家中祭奠。