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罪以后，没有敢讲当时政务的。四十五年(1566)二月，海瑞单独上书说：
“我听说君王是天下臣民万物的主宰，他的责任重大。想要称职，也唯有把职责寄托在大臣身上，使他们尽情进言。我冒死请求，替陛下陈述。
“以前的汉文帝本就是贤明君主，贾谊尚且痛哭流涕地进言。这不是苛求，因为文帝性情仁慈近于柔弱，虽然有惠民的好事，也不免懈怠废弃，这是贾谊最忧虑的。陛下天资英武果断，远远超过汉文帝。然而文帝能够扩展仁慈宽容的性情，节制耗费，体恤人民，使天下钱贯腐朽粟粮陈积，几乎终止刑罚。陛下却锐利精明不多久，就被妄念牵移开去，背离刚明的品质而且错误地用人。以至宣称飞升可以求得，一心修炼本性，用尽百姓的脂膏，泛兴土木，二十多年不理朝政，法纪松弛。几年间局势发展，名称礼器混乱。不见两位皇太子，人们认为父子情谊浅薄。因为猜疑诽谤屠戮侮辱大臣，人们认为君臣情谊浅薄。乐于呆在在西苑享乐不归皇宫，人们认为夫妇情谊浅薄。小吏贪污官宦骄横，民不聊生，水旱灾害不断，盗贼日益猖獗。陛下试想现在的天下，是怎么样呢？
“近来，严嵩被罢免相职，严世蕃被判处极刑，一时间大快人心。然而严嵩罢相后如同严嵩没有任相职之前一样，世道不是很清明，远远赶不上汉文帝。大概天下的人对陛下有看法已经很久了。古时人君有过错，依靠大臣匡扶矫正。现在皇上仍然修斋建祭坛，争相敬香，送仙桃献天药，大臣都做表称贺赞颂。建宫殿筑居室，要竭力经营；采集香料收购珠宝，府库开支四出。陛下错误地兴起，大臣们错误地顺从，没有一个人愿意向陛下正确陈述，阿谀之风严重。然而他们内心惭愧、气馁，告退后又背地议论。这种欺骗君主的罪孽又怎样呢？
“天下是陛下的家。没有不顾念家的人，朝廷内外的大臣都为陛下的家奠基则这家坚如磐石。一心修炼本性，这是陛下的心智迷惑。过分苛求武断这是陛下的偏激。说陛下不顾念家，合乎人之常情吗？大臣们徇私损公，谋得一个官职多数因欺诈丧失，多数因不干事而丧失，实在不能合乎陛下的心意。否则，君心臣心偶然不合，就称陛下讨厌刻薄大臣，因此拒绝劝谏。抓住一两个不适当的人，就怀疑成千上百的人都这样，使陛下做出错误的举动，却坦然不见怪，大臣们的罪行大着呢。史书说：‘皇帝犹豫不决则老百姓迷惑，对下情难知晓则君王长期劳累’，这正是呀。
“陛下的失误很多，其中最大的失误是斋祭。斋祭是求长生。自古圣贤传下训诫，修身立命称‘顺应自然保全正命’，没有听到长生的说法。尧、舜、禹、汤、文、武等最圣贤的人，没有能够长命于世，退而言之，也没有见到从汉唐、宋到现在有活着的方士。陛下接受陶仲文的方术，称他为师。陶仲文却已经死了，他不能长生，唯独陛下能长生么？仙桃天药，更加怪诞荒谬。从前宋真宗在乾佑山获得天书，孙。。说‘天怎么讲话？哪里来书’。桃子必须采摘才能得到，药必须焙制才能成，现在无缘无故得到这两件东西，是它们有脚可行吗？称‘天赐’有手执掌来交付吗？这是左右奸诈的人，制造荒诞的事来欺骗陛下，陛下错误地相信了，认为是真的，是过失啊。
“陛下又说用刑赏来督导大臣，分派人加以治理，天下没有不能治理的事，那么修炼本性就对自己没有损害吗？太甲说：‘有言论与自己心事相反，必须求证道理；有言论恭顺自己的志趣，必须求证它没有道理。’任用人必须唯唯诺诺与自己不相违抗，陛下的这种方针不好。观察严嵩，有一件不顺从陛下的事吗？过去是一条心，现在是罪魁祸首。梁材守道守官，陛下认为是叛逆，但他历任有声望的，在户部做过官的人至今首推他。然而各位大臣宁愿像严嵩一样恭顺，不取法梁材的叛逆，不是察看陛下的错误，而是暗暗地回避，陛下由此得到什么好处。
“陛下如果能确实知晓斋祭无益，一旦翻然悔悟，天天到正朝，与宰相、侍从、言官商讨天下的利害，清洗数十年累积的过失，置身于尧、舜、禹、汤、文、武圣贤之中，使大臣们自己也洗刷数十年阿谀君王的羞耻，置身于皋、夔、伊、傅的行列，何患天下不能治理好，何患万事不被梳理顺。这只是陛下振作一下的事。放弃它不做，热衷于轻举度世，伤精劳神，在捕风捉影、茫然不知之中寻求修炼本性，我看终身劳苦，却最终一无所成。现在大臣取俸禄而喜好阿谀，小官吏害怕被治罪就闭口不语，我很愤恨。因此冒死罪，愿尽绵薄之力，唯求陛下赐恩。”
世宗接到奏章，非常恼怒，扔到地上，环视左右的人喊：“赶快抓住他，不要让他逃跑了。”宦官黄锦在旁边说：“这个人素有痴名。听说他上奏章的时候，自知触犯皇上该死，就买了一副棺材，告别妻儿，在朝廷等候治罪，童仆也都逃散，没有人留下，他不会逃离。”沉默不语，过会儿又取过奏章阅读，一天读了几遍，被它感动而叹息，将奏疏留在中宫几个月。曾说：“此人可以与比干相配，但是我不是商纣。”遇上过问患病，烦懑不乐，召见内阁大臣徐阶商议传位的事，说：“海瑞所讲的都是实话。我现在病了很久，怎么能巡视朝廷事务。”又说：“我不自我谨慎珍惜，招致这场病患。假使我能到便殿去，怎么会遭此人的骂呢？”于是逮捕海瑞投放到诏狱，追究主使人。不久把他移交刑部，判处死罪。案宗上报后，仍被留在世宗手中。户部司务何以尚揣摸皇帝没有杀海瑞的意思，上书请求释放他。世宗发怒，命令锦衣卫将他杖击百次，禁锢在诏狱，昼夜棒击审讯。过了两个月，皇帝去世，穆宗即位，两人都被释放。
世宗刚死，外界大都不知道。提牢主事听了，以为海瑞将被任用，设宴款待他。海瑞自己疑心要赴刑场，放纵饮用，不顾虑什么。主事就附在他耳边说：“皇帝去世了，先生即将出狱效力了。”海瑞问：“真的？”随即大哭，将吃进的东西全呕吐了，倒在地上，整夜哭泣不停。不久获释，恢复旧职。很快改派到兵部，提拔为尚宝丞，调任大理寺。
隆庆元年(1567)，徐阶被御史齐康弹劾，海瑞说：“徐阶侍从先帝，没有能终止神仙土木的过失，畏惧龙威保全职位，的确有罪。然而自从他执政以来，忧患国事，肚量宽弘，值得称赞。齐康甘心做鹰犬，搏噬好人，他的罪又高过高拱。”人们赞同他的说法。
历任两京左、右通政。隆庆二年(1568)夏天，以右佥都御史身份巡抚应天的十府，下属官吏害怕他的威严，有劣迹的人大都自动免职。有势力的人家用朱丹漆门，听说海瑞来了，又漆成黑色。监理纺织营造的人，被减去众多随从。海瑞锐意革故鼎新，奏请疏浚吴淞、白茆，让河水畅流入海，百姓因此受益，他一贯痛恨大户兼并土地，极力折损豪强，安抚贫穷羸弱。贫民的田地被富户兼并，一概替他们夺回，徐阶罢免相位居住乡里，海瑞一样查问其家里的情况而不宽免。他的命令雷霆万钧，有司惶恐奉行，有势力的豪强为了躲避，逃往其他郡。奸民往往乘机告发，所以大姓人家时常有遭诬告蒙冤屈的。他又裁减邮传冗费。士大夫离开了该地一律不提出供饮食，因此怨言很多，都给事中舒化批评海瑞迂腐不通晓政体，应该把他置于南京的清闲之地，穆宗仍然优待海瑞下诏奖励。不久给事中戴凤翔弹劾海瑞庇护奸民，鱼肉官吏，沽名钓誉扰乱政事，于是调他督职南京粮储。海瑞抚慰吴地刚半年，百姓听说他将离去，哭声载道，绘像在家中祭祀。他即将就任新职，遇上高拱主管吏部，此人一向怀恨海瑞，将他的职务并入南京户部，于是海瑞告病回家。
万历初年，张居正主持朝政，也不喜欢海瑞，指使巡按御史考察他的清廉。御史到山中察看，海瑞真诚地招待他，两人对坐用餐，房舍狭小，御史叹息着离去。张居正害怕海瑞的耿直，虽然朝廷内外交相推荐，他始终不召见海瑞。万历十五年(1587)冬天，居正已死，吏部拟任用他做左通政。神宗很看重海瑞的名声，授予他旧职。第二年正月招他任南京右佥都御史，又改任南京吏部右侍郎，海瑞当年七十二岁，上书陈述衰老将死，愿比附古人尸谏的大义，大略讲：“陛下励精图治，但政治还不理想，原因是贪婪官吏的刑罚轻了。大臣们不能谈论缘由，反而借助待士有礼的说法，对此赞不绝口掩饰其过失。待士有礼，但是百姓又有什么罪刑呢？”于是他列举太祖剥皮囊草的刑罚以及洪武三十年(1397)的定律贪污八十贯处绞刑的例证，称现在应该用这些刑罚惩治贪官。其他方面时政的谋划，话语非常切实。唯独劝皇帝施行酷刑，当时舆论认为不妥。御史梅昆鸟祚弹劾他。神宗虽然认为海瑞的言语过分，但明了他的忠诚，撤了昆鸟祚的职。
神宗屡次打算召用海瑞，执政的人暗中阻拦，于是任命他为南京右都御史。南京各官向来苟且懒惰，海瑞身体力行矫正此风。有位御史偶尔演戏取乐，海瑞打算遵循太祖法令杖责他。百司惶恐，都患其苦。提学御史房寰担心被纠察和揭发，准备先行发难，给事中钟宇淳也鼓动，房寰再次上书对海瑞丑化诋毁。海瑞也多次上书请求退休，神宗安抚挽留，不同意他辞职。万历十五年(1587)，海瑞死在职任上。
海瑞无儿子。死时，佥都御史王用汲进他家察看，发现他用的是穷寒的士人都不能忍受的麻布帐和破竹箱，王用汲哭泣着退下，凑钱给他送葬。百姓罢市。丧事在江上举行，穿戴白衣帽的送葬人夹岸，哭着洒酒祭奠的人百里不绝。神宗追封他为太子太保，谥号忠介。
海瑞生平学行，主要是刚强，因为他自号刚峰，天下人称他为刚峰先生。他曾说：“想天下治理安平，必须推行井田制。不得已就推行限田制，再不行就实行均税制，尚且可以保存古人的遗志。”所以自从任县令到巡抚，他都致力清丈田亩，颁行一条鞭法。主要意思在于利民，不过行事不能说没有偏颇。
吕坤，字叔简，宁陵人，万历二年(1574)的进士。担任襄垣知县，有卓著的政绩。调往大同，授职为户部主事，历任郎中。调任山东参政、山西按察使、陕西右布政使。升任右佥都御史，巡按山西。过了三年，被召回任左佥都御史。历任刑部左、右侍郎。
万历二十五年(1597)五月上奏陈述国家的安危，大意是说：
“我私下以为从元旦以来，天气昏黄，日光暗淡，占卜的人认为是乱世的征兆。现在国家的形势，已经出现混乱的迹象，还没爆发。全国的民众，已经萌发祸乱之心，却还没有人倡导。现在的政治，都是播下祸乱的机会使人行动，帮助骚乱的人使之得以首倡的借口。我斗胆将救世的要务，向陛下陈述。自古有四种人对祸乱感到高兴。一是无依靠的人，得不到温饱，自己和家庭都困窘，就怀有骚乱的想法，希望延缓即将死去的生命。二是无德行的人，心气高亢性格强悍，对生命轻率，藐视法律，平常爱慕玉帛和女人却得不到，等到有变乱就图谋劫掠。三是信奉邪教的人，白莲教的社团，遍及四方，教主与小头目成群。倘若有首领召唤，他们就会归附。四是行为不轨的人，乘混乱之机，妄想称雄。只希望目前有变乱，不喜欢天下太平。陛下约束自己爱护别人，自己受损却使百姓受益，那么四种人都会成为赤诚的百姓，否则就会全部成为仇敌。
“现在天下苍生的贫困很清楚，从万历十年(1582)以来，没有一年无灾害，催收的课税依旧。我长期在京城外做官，看到陛下的赤子受冻却没有遮体的衣服，饥肠辘辘，吃了上顿无下顿，房屋没有遮盖，连茅草房子也不完整；流民一天天增加，废弃的土地很多；留下的人负担走了的人的粮食，活着的人承担死了的人的劳役。国君的门庭辽阔万里，谁能仰望申诉。现在国家的财政开支耗尽的情况很清楚。多年来修建寿宫耗资近百万两，织造耗资百万两，宁夏的变乱耗资近百万两，黄河决堤耗资近百万两，现在国家大工程、采木费又各有近百万两。土地没有扩展，百姓没有增多，没有天降豆类、地冒黄金的好事，怎么办呢？现在国家的防御概况很清楚。三大营的兵马护卫京城，马匹有一半羸弱衰老，人员有半数年老体弱。九处边关的兵马是为了抵御外敌的却都勇于挟制皇上，害怕与北方少数民族作战。外卫的兵马是预备征调和支援守备的，却因为劳役的占用使队伍缺员。家庭拖累于生计，仅存皮骨，军府何所依赖？假设有千名骑兵横行四方，国家就兵马不够用，必然选择百姓中的壮丁。用怨愤的百姓与怨愤的百姓战斗，与谁联合作战？
“人心是国家的命脉。现在的人心，只希望陛下收聚罢了。关、陇的气候寒冷、土地贫瘠，百姓的生活实在艰辛。织造花绒，户户贫困于逼纳。提花染色，日夜不得休息，一千只手历时一年也完不成一匹。其他的如山西的纟由，苏、松的锦绮，每年的定额完成后，又不断加造。至于饶州的磁器，西域的回青，不急需的东西，徒然使百姓受敲骨之累。陛下确实能停罢一切，就收聚了江南、陕西的民心。
“就采木而言。一丈八尺的粗木，不算百年的树木。深山穷谷，蛇虎杂居，毒雾缭绕，人烟稀少，因为寒暑饥渴患痢疾死亡的人不谈。就是一根木材刚放倒，千人也难以移动，倘若遇上阻隔艰辛，必然出现伤亡。蜀地百姓称‘入山一千人，出山剩五百’，哀怨很清楚。至于像海木，虽然官价是一株一千两银子，等到运抵京城，费用何止一万两。我看到楚、蜀的百姓，谈到采伐木料，没有人不哽咽。假设减少数量，增加价值，多给些时间，减小尺寸，就收聚了川、贵、湖广的民心。
“就采矿而言。南阳各府，年年闹饥荒，刚刚恢复生机，脸上的饥饿之色还没改变。自从责令报告殷实的人家，但是半数已经惊恐地逃亡了。自从不供应矿夫和官兵的口粮，多数人都快累死。自从都御史李盛春下严令责罚，抚按又怕治罪不敢说话。现在矿砂没有利润，责令百姓交纳银两，而奸人仲春又设计掠夺蚕食。朝廷得到一两银子，郡县的开支上千倍。果真下令告诫使者，不要乱征银两，有像仲春一样侵犯、掠夺百姓的人，杀无赦，就收聚了四方的人心。
“官店的租银收取、押送，从赵承勋时达到四千，因而开设了皇店。自从朝廷派遣太监，因而事权加重。市井是贫民谋取丝毫之利以养家饣胡口的场所，陛下享有全国的财富，对它有什么依赖？况且冯保有八家店铺，有多少房屋，每年却有四千两的课税。课税既然有四千两，征收的数目何止几倍。不掠夺市井的百姓，钱怎么能得来？现在富家派仆人开设店铺，居民尚且遭殃，况且特派的显赫的太监，受赐诏书，逞压卵之威，施行竭泽而渔的行为，难道还顾忌百姓的困苦吗？陛下撤回太监，责令有司输送课税，就收聚了京郊的人心。
“天下的宗室，都是九庙先祖的子孙。王守仁、王锦袭是盖世的神奸。籍贯相距数千里，却冒充是王弼的子孙；事情相隔三百年，却妄称接受寄存的财产。其间伪造圣旨，假传诏令，明地欺骗圣上，暗中陷害亲王，有的人像楚王含恨自杀，陛下拿什么话来告慰高皇帝？这两个贼人罪当诛杀，仅停止命令回归原籍，我担心万众惊讶生疑。果真马上斩决两名贼人以告慰楚王，就收聚天下宗族藩府人的心。
“崇信伯费甲金的贫困，十箱珠宝的谣言，都是全国知晓的。开始错在科道道听途说，严加追查也不为过。现在真正知道他受冤枉，又做禁锢，确实是加害无辜。请归还费甲金被剥夺的俸禄，为五城厂卫中被降职的人恢复官职，就收聚了功臣、外戚的人心。
“法律是平定天下的力量。它的轻重，太祖已经定为准则，列位圣祖又增添则例。如果轻重可以依照喜怒的情况，那么则例不能成为确定的法令。我在刑部供职多年，每次看到诏狱一下达，主张公平的人大都有违皇上的意愿，主张严惩的人都合乎皇上的心意。像往年陈恕、王正甄、常照等人的狱案，我们欺骗上天哄骗百姓，已经自己废止了法令，陛下还认为判轻了，全部施加处死极刑，这样律例又有什么作用呢？果真遵从刑部公平的裁决，鼓励遵奉祖宗的法规，就收聚了狱中人心。
“自古圣明的君主，难道乐意听诽谤的话吗？然而力求谏言、奖赏劝谏的人，知道国家的存亡与言路的畅通或堵塞相关。近来驱逐的人很多，选举和候补都罢除了。皇宫紧闭，帝位崇高，如果不广泛运用耳目观察，怎么能让圣人的圣明普照万里。现在陛下听到的，都是大家敢讲的事情，他们不敢讲的事情，陛下听不到。一人孤立在万乘之上，整个朝廷没有冲犯龙颜讲逆耳之言的人，一时快乐，却存忧他日。陛下果真释放曹学程，恢复吴文梓的官职，凡是因劝谏被治罪的人，全部将他们分别录用，就收聚了士大夫的心。
“朝鲜紧临我东部边疆，接近我们的肘腋，平壤西边邻近鸭绿江，晋州正对着登州、莱州。倘若倭寇夺取了它，聚众当兵。就地取得给养，进攻可以切断我们的漕运线，退守可以窥视我们辽东。不到一年，京城受困，这是国家的大忧患。他们请求援兵就推三推四，答应派兵又延缓时间；等到力量穷尽势力折转，他们不投靠倭寇不会终结。陛下果真早先确定大计，全力东征，就可以收聚属国的人心。
“全国输送的财物，筹办很苦，转运更艰辛。等到送入内库，大抵已经腐朽糜烂，万姓之民的脂膏，化为尘土。倘若一年核查一次，东西苦恶粗劣就对监收的人施加严刑，腐朽了就对负责看守的人判重刑，整顿一次，一年的物资可以够三年享用，每年节省不下百万两，就收聚了输送、押解人的心。
“自从抄家、没收财物法令严重，株连的人很多。因为转寄而治罪，就没收家产。被诬告藏私，就会互相株连亲人和熟识的朋友。住宅一旦被查封，鸡猪大半饿死，人一扫地出门，亲戚就不敢收留、隐藏。加上官吏严酷，兵丁严密搜索，年轻的妇女，也命令解开衣裳。我曾目睹过，我遮掩上眼睛，鼻子发酸。这些难道都是元凶的家、罪行深重的人吗？一字牵连，众口难辩解。奸人又乘机恐吓，榨取钱财，不足数不罢休。半年之中，骚扰整座京城，陛下知不知道？希望对抄家、没收财产的举动慎重行事，释放无辜囚禁的人，就收聚了京城人的心。
“列位圣祖在位时，难道缺少宦官、宫妾？然而死于鞭笞之下的事，却听到很少。陛下几年来，疑心重怒气大。广庭中，血肉狼藉，宫禁内，惨叫啼呼。负气的冤魂，汇聚在福祥圣地。现在门口守卫的人，都是伤心、侧目而视的人。外表忠诚、勤勉，心中埋藏毒谋。既然早晚不能保存自己，九死又何求一生。陛下的卧榻边，有几个同心的人，深夜，几个人在防御祸患，我暗自担忧。希望陛下稍敛威严，慎施鞭笞，就收聚了左右人的心。
“祖宗以来，有一天三次朝见的，有一天上一次朝的。陛下很久不临朝，人心已经懈怠到极点，奸邪积淀很深重，守卫的官军只例行公事。现在修造乾清宫，接近皇上住地。军夫往来，谁认识相貌。万一发生不测的事，怎么应付。我希望在天明时发放宫门钥匙，在太阳西斜的时候将军夫放出。不是紧急军政事务，切忌在黑夜传旨宣诏。不答理奏章，先朝没有此事。至于现在，大部分留在皇宫。设想有国家大事奏报，被人截留却对外宣告‘留在皇宫’，人们知道吗？希望将至今还没有批示答复的奏章，每天由陛下发一纸之令，下发到会极门，转交诸司核察，可望做到君臣虽然没有面谈，但是上下仍没有欺诈、蒙蔽。
“我看到陛下昔日励精图治，现在正值鼎盛的年月，不曾有早晚忧患的情况，只常常担忧贫困。不懂得全国的财富，只有这个数额，国君想富裕，天下人受贫困，天下人贫困，国君难道能单独富裕。现在百姓们很憔悴，采办却一天天增加，诛杀的范围更加广阔，将万姓百姓的怨忿归咎一人，在全国结下九重的仇恨，我暗感悲痛。使统一的国家，千年不变，即使宫中物资空虚，谁忍心让陛下独受贫困。现在禁城中，不以拥有国君而欢乐。全国的百姓，不以拥有生命而欢乐，怨言愁叹，不堪入耳。陛下听到此事，必将吃不下饭，睡不安稳觉。我年老体弱，恐怕不能再看到天下太平，拜祭天地，斋戒七天，敬献忧患安危的诚挚之心希望陛下暗地实行臣的劝谏。翻然像发自圣心的警觉、醒悟，那么人们自然心中充满喜悦，天意自然会回归。倘若不然，陛下日后虽然后悔，也来不及了呀。”
奏疏呈送上去，皇帝没有答复。吕坤就称病告退，宫中传旨准许了他的要求。因此给事中戴士衡弹劾吕坤心计深，野心大，称石星大误东征，孙钅广乱杀无辜，吕坤看到了却没有讲话，曲意附和，没有大臣的气节。给事中刘道亨称往年孙丕扬弹劾张位，张位怀疑奏疏出自吕坤的手，所以指使戴士卫弹劾吕坤。张位上奏辩解。皇帝认为吕坤已经被罢免，全然置之不理。
起初，吕坤任山西按察使，曾经撰写闺范图说，宫中太监购买带入禁宫。郑贵妃趁机增加十二个人，并为他们制定秩序，嘱咐她的伯父郑承恩重新刊印。戴士卫就弹劾吕坤让郑承恩敬呈书籍，与内室勾结，包藏祸心。吕坤上奏争辩。不久，有不法的人为闺范图说做跋，称作忧危。。议，大意讲：“吕坤撰写闺范，唯独选取汉代的明德后，皇后由贵人晋升而住在中宫，吕坤是献媚于郑贵妃。吕坤上奏陈述国家的忧患，无事不谈，唯独不谈设置皇储，意图显而易见。”它的话语狂乱，荒诞，将危害吕坤。皇帝将罪过归咎于戴士卫等人，此事才平息。
吕坤刚强正直，注重正统的学术。在家闲居的时候与后学探讨、研习。他的著作，颇有新意。起初，他在朝廷与吏部尚书孙丕扬相好，后来孙丕扬再度担任尚书，屡次推举吕坤担任左都御史没能成功，称：“我以一名八十岁的老臣的名誉保举吕坤，希望我能亲眼看到任用吕坤的效果。没有成效，我甘愿受举荐失当的惩罚，死而无憾。”此后，又推荐国家的三大贤士，沈鲤、郭正域，其中还有一位就是吕坤。孙丕扬先后举荐，上奏达二十多次，皇帝始终没采纳。福王分封到河南，赏赐的庄田达四万顷。吕坤在任，上奏说：“开国初期分封了二十四位亲王，赏赐的田亩没有上万顷的。河南已经分封了周、赵、伊、徽、郑、唐、崇、潞等八个王，如果都达四万顷，将占两河郡县一半的土地，希望皇帝加以裁减。”又向执政阁臣陈述此意。遇上朝廷大臣们也极力争辩，皇帝减少了一半的赏赐。他去世后，在天启初年，被赠封为刑部尚书。
郭正域，字美命，江夏人，万历十一年(1583)的进士。选为庶吉士，授职为编修，与修撰唐文献同时担任皇长子的老师。他们二人都经三次调官后升为庶子，没有离开过讲坛。每次讲授完毕，诸位内侍出来相互揖拜，只是他们两人从不跟别人交谈。
他出京担任南京祭酒时，学生们交钱就可以换取贡生资格，郭正域上奏罢除了此事。李成梁的孙子任都督，到魏国公徐弘基家中完婚，骑马经过文庙门，学录李维极抓住并鞭笞了他。李氏的奴仆数十人践蹋府第，徐弘基也去了。郭正域称：“现在天子尚且以常服拜祭先圣，臣子却从庙门外骑马奔驰这应该吗？况且公侯子弟上学学习礼仪，也是国子监的学生呀，学录并非鞭笞了都督。”命令他们相互道歉算了。
万历三十年(1602)他被征召为詹事，又担任东宫的教师。不久升任礼部右侍郎，负责翰林院。三十一年三月，尚书冯琦去世，郭正域回礼部主持事务。夏天，庙祭，遇上日蚀，郭正域说：“礼说，正祭祀时出现日蚀，牲畜还没杀，就作罢。初一应该是专门的补救时间，第二天早晨祭祀宗庙。”神宗依从了。刚出雨露陪同祭祀的人大都称病。郭正域称祭祀不虔诚，由于皇上没有亲自祭祀，皇上必须亲自参加。神宗认为该如此，却不能实行。
起初，郭正域进入学馆，沈一贯是教习师。后来他担任编修，没有行弟子之礼，沈一贯不会没有埋怨。此时，沈一贯是首辅，沈鲤是次辅。郭正域与沈鲤友好，却心中看不起沈一贯。遇上台官上奏日蚀的占卜，说：“太阳从上方受蚀，占卜预告是皇帝结识并任用了奸人，将亡国。”沈一贯恼怒地咒骂，郭正域称：“宰相忧患国家的盛衰，却不如乐官史官吗？”沈一贯听说后更恼怒。两淮的税监鲁保请求提供印信，兼管江南、浙江的织造，沈鲤坚持不同意，沈一贯打算授予他，郭正域也极力争辩。秦王因为嫡子很久没有诞生，请求分封他的庶长子做世子，多次下诏催促商议。前任尚书冯琦坚决不上奏，郭正域也坚持不同意。秦王又请求分封其他的儿子做郡王，又不同意，沈一贯派大宦官拿皇帝的命令威胁他们。郭正域在门前张榜称：“秦王由中尉受封，庶子应当仍做中尉，不能做郡王。王妃的年纪不到五十岁，庶子也不能做世子。”沈一贯没法为难他。等到他建议剥夺黄光升、许论、吕本的谥号时，沈一贯与朱赓都是吕本的同乡，称：“我们在位，谁敢剥夺？”郭正域执笔批驳：“黄光升应当授谥号，海瑞就该杀。许论应当授谥号，沈谏就该杀了。吕本应当授谥号，鄢懋柳、赵文华都是有名的大臣，不应当削夺官籍。”意见呈送上，满朝称是，却最终没有施行。
郭正域与沈一贯积怨后，沈一贯很憎恨他。遇上楚王华奎与宗族的华翧等人相互攻击，郭正域又与沈一贯产生意见分歧，因此几乎形成致命之祸。此前，楚恭王得绝症，隆庆五年(1571)去世，留下宫人胡氏的遗腹孪生儿子华奎、华壁。有人称宫中小臣郭纶将王妃的哥哥王如言的小老婆尤金梅的儿子冒充华奎，王妃的族人王如悖的家奴王玉的儿子冒充华壁。仪宾汪若泉曾经上奏揭发，事情交给抚按办理。王妃坚决否认，事情才平息。八年华奎继承王位，华壁也被封为宣化王。宗族人华翧一向强烈地反对，攻击楚王。华翧的妻子是王如言的女儿。当年派人攻击华奎是异姓人的儿子，不应当立为王。沈一贯嘱咐通政使沈子木，阻止把奏章呈交皇帝。一个月后楚王弹劾华翧的奏章送到了，才呈送此奏章。皇帝下令礼部评议。不久，华翧进京上诉。皇帝下令交给礼部处理。郭正域请求指令抚按大臣公平地核查，皇帝听从了。
起初，沈一贯嘱咐郭正域不要讲出通政司隐瞒奏章的事情，等到华翧的奏章呈上，郭正域主持调查。沈一贯称亲王不应当受调查，但应当体面查访，郭正域说：“事情关系到宗室，台谏应当也谈谈此事。”沈一贯微笑地说：“台谏绝对不会说。”等到皇帝听从了调查的主张，楚王惊慌，拿出百两黄金替郭正域祝寿，并嘱托不要清查楚王的事，将拿出一万两白银酬谢，郭正域严辞拒绝了。不久湖广巡抚赵可怀、巡按应朝卿核实上报，称详细审查却没有得到佐证，而且王氏态度很坚定，各位郡主、县主都说“不知道真伪”请求特派官员再做查询。诏令公卿在西阙门发表意见，天晚了才散去。参加议论的有三十七人，各执一辞，每人的意见都不同。李廷机以左侍郎身份代替郭正域负责礼部事务，郭正域想详尽记录各人的评议，李廷机认为言辞太繁杂，先摘取要点上奏皇帝。沈一贯就唆使给事中杨应文、御史康丕扬弹劾礼部阻塞群臣的评议，不汇报实情。郭正域上奏辩解，并揭发沈子木隐瞒奏章、沈一贯阻挠勘查以及楚王馈赠钱财的情况。沈一贯更加恼恨，称郭正域派家仆指导华翧上奏，提议皇帝下令楚王避位听候审查，私下庇护华翧。
当时，郭正域偏袒楚王的宗人，大学士沈鲤重视郭正域，尚书赵世卿、谢杰，祭酒黄汝良却赞助楚王。给事中钱梦皋就迎合沈一贯抨击郭正域，话语牵连到次辅沈鲤。杨应文又称郭正域的父亲郭懋曾经受到楚恭王的鞭笞，所以郭正域趁机陷害楚王。郭正域上奏辩解，留在宫中没有答复。沈一贯、沈鲤因为楚王的事情都请求离去，李廷机又请求再做追究。神宗认为楚王即位二十多年，为什么到现在才揭发，况且丈夫攻击，妻子作证，不能作为凭证，于是罢除了对楚王一事的追究。郭正域四次上奏请求离去。楚王感到安全后，就上奏弹劾郭正域，大意与杨应文所说一样；并且揭发了他几件违法的事情，请求剥夺郭正域的官职。神宗下交部院集体讨论，李廷机稍稍指责郭正域，却称他已经离职可以不再苛求。给事中张问达却称藩王想有晋升或贬责大臣的权势，不足为训，于是没有治郭正域的罪却命令巡按御史调查楚王所揭发的事，做出报告。
不久，兴起妖书的事情。沈一贯认为沈鲤与自己地位相近，而且郭正域刚被罢免，因此陷害他，那么两人必受重创，于是对神宗讲此事是大臣中有人相互倾轧所为。是想稍稍挑起事端，以触动皇上。不久，锦衣卫都督王之祯等四人认为妖书有名，说是其同僚周嘉庆所作。东厂又捕捉了妖人。。生光。巡城御史康丕扬替。。生光鸣冤，称妖书、楚事是同一回事，请求稍稍延缓刑罚，造乱的兄弟可以将首领献给朝廷。意思是指郭正域和他的哥哥国子丞郭正位。神宗恼怒，认为庇护叛贼，将他除名，沈一贯极力救助才幸免。康丕扬先后捕获僧人达观、医生沈令誉等人，但是同知胡化却告发妖书出自教官阮明卿之手。不久，厂卫又捕获一名叫毛尚文的嫌疑犯。几天中锁链声相闻，都城中人人自危。周嘉庆等人都被投入诏狱。周嘉庆当即因没有证据，下令革职回乡。沈令誉以前曾经往来于郭正域的家，达观也时常游访贵人的门庭，曾经被郭正域驱逐，毛尚文却是郭正域的仆人，沈一贯、康丕扬等人想从这几个人的口词中引出郭正域，但是胡化所揭发的阮明卿，是钱梦皋的女婿。钱梦皋大为愤恨，上奏公开攻击郭正域，称：“妖书刊印传播，不前不后，恰好在楚王的奏章呈送到的时候。大概郭正域是沈鲤的门徒，而沈令誉是郭正域的食客，胡化又是他的同乡且同年中举，一群妖人结成死党。请求治断根本，判定郭正域为祸害楚王的罪魁祸首，勒令沈鲤在家闲住。”神宗命令郭正域回原籍听候审查，赶紧严刑审讯几位被捕的人。达观被拷打致死，沈令誉也几乎死去，都不承认。法司逼迫胡化诬告郭正域和归德公。归德是沈鲤所住的县名。胡化大声呼喊：“阮明卿是我的仇人，所以告发他。郭正域考取进士后二十年没有通音信，怎么一起撰写妖书？我也不知道谁是归德。”神宗知道胡化冤枉，释放了他。
都督陈汝忠审讯毛尚文，又派兵在杨村包围了郭正域的船，将老妇、婢女和书童等十五名男女全部逮捕，与。。生光一起拷问，最终没有收获。陈汝忠拿锦衣告身引诱毛尚文说：“能够告发乱贼，就能得到它。”让他诬告沈令誉，并且由奶妈龚氏十岁的女儿作证明。等到会审，东厂太监陈矩追问女孩说：“你看到几种妖书的版本？”回答：“满屋。”陈矩笑着说：“妖书只有两三张纸，版本怎么有满屋呢？”责问毛尚文说：“沈令誉告诉你哪天刊印妖书？”毛尚文回答：“十一月十六日。”兵部尚书王世扬说道：“妖书在初十查获，而十六号又刊印，有两本妖书吗？”拷问。。生光的妻妾和十岁的儿子，用针刺穿手指，必求诬告郭正域，都没成功。生光仰视钱梦皋、康丕扬，大骂道：“死就死吧，为什么教唆我迎合你们的心愿，胡乱诬告郭侍郎呢？”都御史温纯等人极力维护，事情才渐渐化解，然而仍然不能结案。
光宗在东宫，多次对身边的侍从说：“为什么想杀我的好讲官呢？”众人听到此话都很惊惧。詹事唐文献与同僚杨道宾等人到沈一贯处争辩，李廷机也极力要求落实，案狱更加缓解。刑部尚书萧大亨准备文告，仍想治郭正域的罪。郎中王述古将稿纸扔到地上，萧大亨才作罢。于是判处。。生光死刑，释放了诸位受牵连的人，郭正域获得幸免。当狱案危急的时候，巡逻兵围困了沈鲤的住处和郭正域的乘船，铃声和打更的梆子声通宵达旦。又传说郭正域已被逮捕，迫使他自杀。郭正域回答：“大臣有罪，应当在都市受处决，怎么能自己抛尸荒野。”不久，幸而无事，才回乡。回乡三年，巡按御史史学迁上奏楚王所揭发的事情的调查报告，无罪。给事中顾士琦趁机请求召回郭正域，皇帝没有答复。
郭正域知识广博，勇于承担重任，有经邦济世的大略，严于律己，所以人们敬重他。被当权的宰相扼制，不能再受任用，在家居住十年后去世。四年后，被赠封为礼部尚书。光宗的遗诏，加恩泽于旧学，赠封他为太子少保，谥号文毅，将他的儿子录用为中书舍人。