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与此大体同时，元代又是云南佛教摆脱藏传密宗的支配性影响而大规模改密为禅的时代。南诏、大理政权时，云南佛教“皆西域密教”，实际上是藏密，“初无禅讲宗也”。密教僧人叫阿叱力或阿阁梨，或称轨度僧、轨范僧。没有出家的阿叱力叫“师僧”，有妻室。最早在云南开寺收徒传播禅宗的，是1250年从云南到内地学禅，历25年后回到中庆筇竹寺的雄辩禅师。大约在十三四世纪之间的四五十年间，从汉地传入云南的禅宗很快成为当地佛教的主流，阿叱力僧几乎落到民间巫师的地位。这个转变，很可能有当时云南社会关系和社会结构的重大变迁作为基础。但它刚刚发生在汉地的文化影响以前所未有的力度施加于云南地方的时期，因而有效地加快了云南上层文化从它本身的体系中脱逸出来，向中原汉文化靠拢的过程。到元明之际，在云南中心地区的城镇和士人中流行的，已基本上是与内地相同的汉文化了。
不过，从上面的叙述中间，也不应该产生这样一种误解，即元代云南的人口主体，已经由汉族百姓、或者至少是由汉化程度很深的那些非汉族居民所构成了。各种少数民族的部族、部落或部落集团，占据了人迹所能至的高山、水滨、坝区和林木中的大部分地区，尽管其人口密度很低，但在人数的绝对值方面，仍要大大超过在元政权保护下集中于少数城镇，尤其是大城市里的汉族居民。汉文化的影响主要通过这些城镇向其周围辐射。在大理和中庆城之间，这些辐射点大概能基本上构成一个互相呼应的网络。在它以外，汉文化的辐射力仍不足以穿透广袤的多民族交叉分布区。
到明代，甚至清代，汉文化在云南依旧是按照辐射网络式的格局传播的，不过分布在网络上的辐射点增加了，网络的外沿铺向更大的地域，网络保持信息能量和复制信息的功能也更为明显地增强了。明初有大批宁镇地区的“良家间右”被强行迁移到云南落籍。他们带去的方音，竟使明代云南很多汉族聚居点“言音绝似金陵。但呼院曰万，街曰该，鞋曰孩，虹曰水桩，松炬曰明子，蓄水曰海子，岭曰坡子，沟曰龙口。民呼官，太守以下皆曰父母；监司以上皆曰祖”。
因此，从13世纪直至近代，云南文化变迁的格局，正是在元代奠定的。边庭风情多异彩元云南行省的辖境，比今天的云南省要大。其东界基本与今云南省界吻合，而与湖广行省（含今广西和贵州）接邻。其北界将今四川西昌囊括在内，自西向东分别与吐蕃东境的朵甘思、朵思麻以及四川行省接邻。它的西部、西南部、南部和东南部则分别与元代中国的西南邻国接界。
行省西部的边界与南诏、大理国时期相同，即在今缅甸北部与印度分界的那加山脉，它是恒河水系和伊洛瓦底江水系的分水岭。在它的西南，元初边界基本上与大理国边境线相同，位于今德宏所辖诸县地界略西、略南，与缅国相邻接。1270年和1280年，元军两次征缅，遂将云南行省的这一段边界向西南推进到原缅国辖境，大体将北纬23°以北的萨尔温江和伊洛瓦底江两河流域之间的地面括入版图。元朝后期曾更南至于邦牙（今曼德勒西南）置宣慰司，但不到五年就放弃了。
西部边界地区有景咙金殿国（在今西双版纳），是傣族先民建立的地方政权，为大理国的属国。元朝1300年前后才在这里设彻里路军民总管府，正式行使对该地的统治权。彻里与它之南的八百媳妇国的疆域犬牙相错，大体上以今南垒河分界，河北属彻里，河南属八百媳妇。元成宗时曾准备出征八百媳妇，兵马尚未进入云南，就因沿途扰民激起今黔西、滇东北各部族的武装反抗，元军被围穷谷，得脱者仅十之一二，被迫罢征。彻里置司以后，八百媳妇国部酋相继归附元廷，1320年、1330年，元先后设蒙庆宣慰司、八百等处宣慰司都元帅府于彼地。今缅甸南掸邦的南垒河以南地区、泰国清莱府和清迈府的部分地区也被纳入元朝统治。此外，1320年，元还在越南莱州省境内置宁远州。1330年，设老告军民总管府统治今老挝北部的琅勃拉邦一带。
云南行省的东南与安南（在今越南北部）接界。这里的边界基本上与今中越边境线吻合，惟临安道宣慰司（治今云南建水）所属阿月部的地域，还要超出今马关县境，达到今越南河江省的部分地区。
沿着不同方向散布到云南境内的许许多多种落集团，在无数由自然环境造就的相对隔绝的聚居区中形成差异极大的经济和文化景观。见于元代史籍的各种土著居民，就其大的族类而言，有白人、罗罗、金齿百夷、么些、斡泥、峨昌、撬人、土僚、蒲人等等。
白人是今白族先民，是以南徙入滇的古代氐羌族当中经济、文化较发达的一些族系为主体，并融合了汉魏以后移入南中的汉族大姓瘤氏以及其他一些汉族人口而逐渐形成的共同体。南北朝以后，它以“白蛮”见于史籍，而与“乌蛮”（分布在云南的另外几支氐羌人后裔）相区别。元代又称他们为阿、（寸白）、白人。其分布地区，以中庆、威楚、大理、永昌（治今云南保山）为主，东至普安、曲靖，北至丽江，南及元江。他们多居住在坝区，以农耕为生，有水田，称五亩为“一双”，种植麻麦蔬果。其农业经济与汉人颇接近，所以元代入滇的汉人，认他们为“汉之遗裔”。尤其是城镇或其附近地区的白人，在与汉族交往中风俗逐渐接近汉族。到明朝，“近城汉、焚人风俗”已经没有太大的差别了。中庆晋宁的元代白人王惠临终时遗训子孙，“忠孝丧礼完全遵照古风（这里的“古风”其实是指汉人风俗），不要追随焚俗”。这个例子既说明受汉文化影响较深的白人对汉地仪文之制的仰慕，同时也说明当时流行的“焚俗”毕竟还保持着若干固有特点。在写成于元代的《云南志略》中，李京这样描写当时白人风俗：男女首戴“次工”，制如中原渔人之蒲笠，差大；编竹为之，复以黑毡。亲旧虽久别，无拜跪，唯取“次工”以为馈。男子披毡椎髻。妇人不施粉脂，酥泽其发，青纱分编，绕首盘系，裹以攒顶黑巾。耳金环，象牙缠臂。衣绣方幅。以半身细毡为上服。处子孀妇（即未嫁女子和寡妇），出入无禁。少年弟子，号曰妙子。暮夜游行（晚上出来闲游走动），或吹芦笙，或作歌曲。声韵之中，皆寄情意。情通私耦，然后成婚。居室多为回檐，如殿制。食贵生，如猪、牛、鸡、鱼，皆生醢之（意即把猪牛鸡鱼等肉生剁成肉酱），和以蒜泥而食。每岁以腊月二十四祀祖，如中州上冢之礼。六月二十四，通夕以高竿缚火炬照天，小儿各持松明火，相烧为戏，谓之驱禳（禳即灾）。佛教甚盛。戒律精严者名得道，俗甚重之；有家室者名师僧。教童子，多读佛书，少知六经者。段氏而上，选官置吏皆出此。民俗家无贫富，皆有佛堂，旦夕击鼓恭礼，少长手不释念珠。一岁之中，斋戒几半。诸种蛮夷，不知事神佛，唯白人事佛甚谨。……其俊秀者，颇能书，有晋人笔意。……市井谓之街子，午前聚集，抵暮而罢。交易用棋子，俗呼作见八。以一为庄，四庄为手，四手为苗，五苗为索。人死，俗尸束缚令坐（即将尸体缚束成端坐的姿势），棺如方柜，击铜鼓送丧，以剪发为孝，哭声如歌而不哀。既焚，盛骨而葬。……其贵人被服，近年虽略从汉制，其他亦自如也。
上引史文中提到白人在旧历六月二十四日晚缚火炬照天、持松明相烧驱灾，就是至今仍在白族和西南其他少数民族中流行的火把节。
白人的语言，按现代语言学分类属于藏缅语族彝语支。从汉魏至元代，白蛮的语言中吸收了大量汉语借词。唐朝人说，在西南诸部中“言语音，白蛮最正”，大概就因为白语中有一部分名词能与汉语的相应词汇相通。李京说，白人语穿衣曰衣衣，吃饭曰咽羹茹，樵采曰拆薪，帛曰幕，酒曰尊，鞍曰悼泥，墙曰砖垣，等等。白语基本语汇大量吸收汉语借词，应当是白人在社会生活中间长期使用双语的结果。从大理国后期开始，白人利用汉字和在汉字基础上稍加创造的一部分新方块字来记录他们的书面语，形成所谓焚文。在元代中后期，焚文在云南地区已相当流行。焚文中的自造新字比例并不大。焚文所使用的汉字，虽有一部分类似表音符号，纯粹用来记录白语词汇的发音，但绝大部分仍同时保留了汉字原来的字音和字义。因此，焚文与其说是白语的书面形式，或许不如说更像是一种俗体的汉语书面语。
罗罗即“乌蛮”，是现代彝族的先民。元时乌蛮各部仍多有各自的部名，罗罗则是对他们的统称。南诏时乌蛮七部中有“鹿卢蛮”，当即罗罗一名的来源。蒙古人又在这个名称之后加上复数后缀，汉语音译为罗罗斯，用来专指集中居住在今四川凉山和西昌的罗罗人。元置宣慰司于其地，称罗罗斯宣慰司。乌蒙、乌撒也是罗罗人集中居住的地区。此外，罗罗的分布还遍及云南大部分地方，多与诸族杂居。他们或耕或牧，农业经济大体处于刀耕火种阶段。李京说：男子椎髻，摘去须髯，或髡其发。左右佩双刀，喜斗好杀，……以轻死为勇。马贵折尾，鞍无，剜木为镫，状如鱼口，微容足趾。妇人披发，衣布衣，贵者锦镓，贱者披羊皮。乘马并足横坐。室女（指未出嫁的姑娘）耳穿大环，剪发齐眉，裙不过膝。男女无贵贱皆披毡跣足。……虽贵，床无缛，松花铺地。……有疾不识医药，惟用男巫，号大奚婆。以鸡骨占吉凶，酋长左右斯须不可阙，事无巨细皆决之。……每岁以腊月春节，竖长竿，横设一木，左右各坐一人，以互相起落为戏。
金齿、百夷都是今傣族先民。其俗尚以金银、漆等涂饰牙齿，所以很古以来就被称为金齿、银齿、黑齿等。元代的回回人和蒙古人用波斯语zar-dandan称他们，也是金齿的意思。元以后，这种以金饰齿的俗尚在有些百夷部落中演变为死后用金箔镶二齿而后葬。金齿并不是他们的古代风景画鉴赏自称，而是他族的外称。唐代汉文记载中有裳魔，明代有歹摩，都是“傣勐”一音的不同写音形式，这才是金齿百夷的自称。李京说，“西南之蛮，白夷（即百夷）最盛。北接吐蕃，南抵交趾”。行省的西南及东南边地是他们的主要居住区。南诏、大理时代，这一带的傣族先民大体上可以今澜沧江为界分为两部分，西部是金齿（或黑齿），东部是白衣（即百夷）。入元以后，金齿、百夷之称经常混用，已不复区别。西南的金齿百夷，由大理金齿等路宣慰司管辖，东南地区诸部归隶于临安道宣慰司。行省的彻里（景咙金殿国）宣慰司所管，与更南的八百媳妇地区，也是在语言和族属上与百夷同类的居民。世传八百媳妇国部长有妻八百，各领一寨，故以之名其国。
百夷诸部多从事农业经济。其地多桑柘，四时皆蚕。由于气候适宜农作物生长，土地又肥沃，所以“地利不能尽，然多产牛羊鱼果”。大多数金齿部落元时还没有使用文字，刻木为约。百夷妇女特别能吃苦耐劳。据《云南志略》，他们“长眉睫，不施脂粉，发分两髻，衣文锦衣，联缀河贝为饰。尽力农事，勤苦不辍。及产（指分娩生育）方得少暇。既产，即抱子浴于江，归付其父，动作如故”。由于居地偏南，风土下湿上热，金齿百夷“多起竹楼，居濒江。一日十浴”。“交易五日一集。旦则妇人为市，日中男子为市。以毡布茶盐互相贸易”。百夷诸部到明代后期才开始奉佛，在元代惟信巫祝而已。惟彻里的傣族先民则早已是上座部佛教的信徒了。
至正之初，随着元朝中央政府和元行省统治势力的衰落，麓川（今云南瑞丽）百夷土官思可发举兵抗命，“盗据一方，侵夺路甸”。据傣文《麓川思氏官谱》，思可发为土语音译，意为擒白虎之王。元明官方文献多以死可伐名之，是一种诬称。思可发兵起之后，邻近诸部“相率纳贡”。元廷曾几次派兵往征、下诏招谕，都不能见效。至正十五年（1355）思可发降元。但此后，他实际上仍长期控制麓川四周“三十六路”之地，“虽奉正朔、纳职贡，而服用制度，拟于王者”。一直到洪武中，他才重新被明朝招抚。
么些即今纳西族先民，《华阳国志》中记为摩沙夷。从南诏、大理以来，他们一向以丽江为聚居中心，其“地凉，多羊马及麝香、名铁，依江附险，酋寨星列，不相统摄”。么些人在云南地区最早被蒙古征服。元廷先设察罕章宣慰司治其地，后又以金沙为界，分为东、西五城地。分别隶属于北胜府（今云南永胜）和丽江路。元初的么些大姓有和氏、木氏等。察罕章管民官一职曾由和氏担任，木氏是其属下。至明初，木氏势力渐大，其后代写成的《木氏官谱》一书，遂将元代的察罕章管民官之职安到自己的祖先木良（即麦良、阿良）头上。
关于么些人的风俗，《云南志略》写道：
善战喜猎，挟短刀，以砗磲为饰。少不如意，鸣钲鼓相仇杀，两家妇人中间和解之，乃罢。妇人披毡，皂衣，跣足，风环高髻。女子剪发齐眉，以毛毡为裙。……不事神、佛，唯正月十五登山祭天，极严洁。男女动百数，各执其手，团旋歌舞以为乐。俗甚俭约，饮食疏薄。一岁之粮，圆根（指芜菁）已半实粮也。贫家盐外不知别味。有力者尊敬官长。每岁冬月，宰杀牛羊，竞相邀客，请无虚日。一客不至，则为深耻。人死，则用竹箦舁至山下，无棺椁，贵贱皆焚一所，不收其骨；非命死者则别焚之。其余颇与乌蛮同。
斡尼亦作和泥、禾泥等，与现代的哈尼为同名异译，主要分布在临安（今云南建水）西南、今元江流域。他们多巢居山林极险，而与河谷平坝地区的金齿百夷以及山居的其他部族错落杂处。李京记其习俗云：“家有积，具以一百二十索为一窖，藏之地中。将死，则嘱其子曰，我平日藏若干，汝可取几处，余者勿动。我来生用之。”
临安西南的斡泥散布地区，实际上是民族杂居区。上述白人、罗罗、金齿百夷、么些等族的主要聚居区内，同样存在着其他民族杂居其间的情况。例如以么些为主要居民的丽江，“蛮有八种，曰磨些（即么些），曰白，曰罗落（即罗罗），曰冬闷，曰峨昌，曰撬，曰吐蕃，曰候”。峨昌即今阿昌族名之异译。撬与俅音近，今云南高黎贡山西部的独龙江，上游仍称俅江（发源于西藏察隅县东）。撬人应即俅江流域的居民，后来逐步南下，徙至独龙江一带，今称独龙族。伊人即今傈僳族先民。傈为专名，即的别译，僳是少数族语音译，意为人或族。伊人居地在“兰州冰琅山外”，即今云南兰坪西碧罗山（怒山）外的怒江流域。另一方面，除其主要聚居区之外，白人、百夷、罗罗等族也有许多部落散布于行省各地。罗罗的分布尤其广泛，从行省腹地到边远地带，其足迹几乎随处可见。
土僚人是构成近代壮族的成分之一。“叙州南、乌蒙北皆是。男子及十四五，则左右击去两齿，然后婚娶。猪羊同室而居。无匕箸，手抟饭而食。足蹈高橇，上下山坡如奔鹿。妇人跣足高髻，桦皮为冠，耳附大双环，衣黑布，顶带锁牌以为饰。出入村麓，望之宛如猿猱。人死则以棺木盛之，置于千仞颠崖之上，以先坠者为吉。山田薄少，刀耕火种。所收稻谷，悬于竹棚之下，日旋捣而食。常以采荔枝、贩茶为业”。这个地区土僚人以击齿为成年标志的习俗，一直保留到明代。它东面的亦奚不薛地面的“葛蛮”，即今仡佬族先人，也有悬棺折齿之俗。蒲人，“一名朴子蛮，在澜沧江迤西。性勇健，……骑马不用鞍。跣足，衣短甲，膝颈皆露。善用枪弩。首插雉尾，驰突如飞”。他们是今布朗族先民。
元代云南的民族构成中，还包括蒙古人和回回人。蒙古人中大部分是戍守其地的蒙古军户。回回人的来源有二：一是镇戍云南的色目军人；二是跟随在云南任职的色目官员一起迁去的人户。今云南各地纳、丁、赛等十余姓回族都以赛典赤为先祖，虽然出自传闻，但还是可以反映出与色目官员一起来到云南、后来又羁居在这里的回回人，数目是不小的。明初人讲到云南各族的居民，就已把“鞑靼（指蒙古）、回纥（即回回）”也列举在内，看做“土著之民”的一部分了。中元政治中“国俗”与儒术“回首桥山泪成血，逢君不忍问龙颜。”
——张养浩：《赠李秘监》
延祐“复科”
至大四年（1311）正月，元武宗海山死于大都。他的弟弟爱育黎拔力八达以武宗册立的“皇太子”身份，从东宫入主朝政。武宗死了不过三天，他就下令罢撤前朝垄断治国大权的尚书省。又过四天，将尚书省的主要官员脱虎脱、三宝奴、乐实等五人全部诛杀。“武仁授受”表面上是和平即位，实质上却充满了流血政变的色彩。
爱育黎拔力八达杀脱虎脱等人的理由，是“变乱旧章，流毒百姓”，其实他另有不得已的隐衷。元成宗死后，皇后卜鲁罕召成宗堂弟安西王阿难答进京，想用阿难答辅国，自己倚恃他手中的兵权临朝称制。爱育黎拔力八达在元朝中枢官僚的支持下，于卜鲁罕发难前一日先发制人，把他们一网打尽。这时候他的哥哥海山已经以阿勒泰山前线军事统帅的身份，带领大军东返，等待漠南派人迎他即位。爱育黎拔力八达虽然对已到手边的皇位暗生凯觎，但慑于海山的兵威，只好以兄终弟及为条件，推戴在名份上“以嫡以长”理应居先的海山作皇帝。
海山即位以后，渐萌改储之心。至大三年（1310），他的身体已很不好，乃授意权臣三宝奴召集亲信商议改立皇太子事。早已被爱育黎拔力八达拉拢的朝中要人脱脱回答说：“皇太弟（指爱育黎拔力八达）位居东宫，已有定命。从此兄弟、叔侄世世相继，怎么敢做破坏这个秩序的事！”三宝奴问：“如果今日兄弟相授，以后就要由叔叔再传位给侄子，能担保他这么做吗？”脱脱回答：“在我们不可以违反约定，如果他们失信，上天是会明鉴的。”当时，事情不了了之。现在武宗死了，三宝奴如果宣布武宗改储的遗诏，就可能发生变起肘腋的曲折，使爱育黎拔力八达白熬提心吊胆地“蛰居”东宫的四年辛苦。像四年前的“清君元武宗侧”一样，爱育黎拔力八达再次使用先发制人的手段来击败对手。至大四年的大清洗，是政见之争，同时也是权力之争。三月，爱育黎拔力八达即位于大都，是为仁宗。他先后有两个年号，即皇庆和延祐。
成宗和武宗都具有蒙古军事贵族的气质。成宗即位近五年，还认不清中书各部的汉人长官。武宗用人，差不多全在从征西北的蒙古、色目将领中挑选。宫廷卫士以“角斗屡胜”，也可以获得平章政事的大官衔。两人都在统治圈里讲“惟和”、讲“宽大”。忽必烈朝的遗老旧臣陆续去世之后，由这批靠“宽大”发迹的官僚来执行忽必烈定立的“祖制”，使原来就存在的慢性政治危机和财政危机都逐渐恶化。仁宗是元朝第一个即位前始终生活在汉地的皇帝，他的“潜邸”有一大批汉族名士，以上党人李孟为首，还聚集了很多对汉文化和儒术有较深理解和同情的蒙古、色目侍臣。仁宗的施政方针是要遵用儒术来改革朝政。与成宗、武宗两人相比，他才是真正执意更改世祖“成宪”的人，但他诛杀政敌，用的却是“变乱旧章”的罪名。久感压抑的儒生阶层似乎感到某种鼓舞。当时人以《三宝奴伏诛》为题写诗说：“受尽君恩弄尽权，富倾御府贵熏天，奴才自许齐三宝，主寿谁能保万年。”
从至大四年开始，仁宗颁布了一系列整顿朝政的法令。元廷罢诸王断事官，蒙古人犯盗诈者令所隶千户鞠问。这时还废除了诸王份地达鲁花赤由封主自辟的旧制，任以流官；诸王位下所辟为副达鲁花赤。有鉴于武宗以镇北亲王的军权为后盾夺取帝位，仁宗命驸马丑汉出总北军；对居庸关的军事守备亦显著加强。这些措施，含有暗中防范镇北多年的晋王拥兵坐大的用心。朝廷又下诏，严禁近侍擅自传旨中书任用官员，如有敢犯者，“不须奏闻，直捕其人付刑部究治”。此外，政府还明令规定，内侍只授内廷官职，不予外朝文官官阶；由吏员晋职为官者，不得超过从七品。而这时社会影响最大的一项措施，则是恢复科举的制度。
仁宗登基伊始就曾宣布：“我所希望的，是使百姓安宁，从而求得天下大治。但如果不用儒生，怎么能做到这一点呢？”他把大规模起用儒生看做是安国安民的前提，这是有针对性的。
自隋唐以后，随着中国中古贵族政治的解体，科举取士制度越来越成为选拔政府官员的一种重要途径。尽管通过“庇荫”制（品级较高的官僚可以保荐一名或若干名子女做低品级的官员）和由吏员出职为流官的渠道进入仕途的人始终占据很大的比例，但以科举进身几乎变成挤入高级文官圈的惟一体面的途径。唐朝人就说：“缙绅虽位极人臣，不由进士者终不为美。”张玄素在隋朝由令史入品流，入唐后位至三品。唐太宗当着诸朝臣的面问他“历官所由”，玄素窘迫不堪，从殿阁中出来时，差不多抬不起腿来，“精爽顿尽，色类死灰”。科举取士的人数虽然十分有限，但它造成一种假象，似乎“读书做官”的道路对每一个人都是敞开的。奋身场屋，一旦及第，“指日金马玉堂”，变作成千上万贫穷士人终生的幻想。利用科举制度来编织数以万计的中下层平民人生理想的政权，同时也就为自己编织出统治天下的合法性。
但是元朝前期却没有实行科举制度。忽必烈朝曾几次讨论恢复科举的问题，甚至连“程式”都拟定过，但最终仍搁置了。元廷长期停科，原因当然很多，其中最主要的有两条：元朝的文武高级官僚大多出于宿卫近侍，这些人都是“世勋子孙”，构成与蒙古皇室俱荣俱损的半世袭官僚集团。中下级，尤其是下级官员不得不较多地利用汉人和南人，但选拔的标准是“趣办金谷”、“勾稽朱墨”，也就是收刮钱财、填报簿书和舞弄刑名的能力。儒家思想的主流一贯强调“藏富于民”，反对开源，提倡节流，认为利源一启即“不可复塞也”；又反对兴利，提倡救弊，认为兴一利则必生十弊，会因此造成救不胜救的局面。朝中儒生的这些主张完全不能适应成立伊始的元政府急于扩大财源、充实国用的需要，自然受到忽必烈的冷淡，被他斥为“不识事机”。所以，至元中叶后，“凡言科举者，闻者莫不笑其迂阔，以为不急之务”。这是科举制不得恢复的一个原因。另一个原因，是取代以科举考试选拔官员的由吏入仕制度的扩大化，反过来成为推行科举制的阻碍。
中国古代本来就有儒道和吏道之分。儒道指治国平天下的方略大计，吏道指具体处理行政、司法、理财等方面事务的技巧和才能。东汉前后儒道和吏道合流，但读经书出身的人做起官来不见得就有实际办事能力，所以不得不依靠被他们所役使的吏属、椽史来处理具体事务。吏的势力在金统治下的北方迅速抬头，其势在元初有增无减。元代人说。当时到郡县做官的，“往往是带毡帽、穿羊毛织衣的蒙古人，才放下弓箭、跨下战马，就叫他们作守作令。但他们对法律规定的宽严、民间情况的曲折隐秘，做不到广泛了解、详细考究，于是只好把过去曾做过胥吏的人叫来，命令他们写成文书呈上，又详细地加以指点解释”。元人还说，“治理一县的长官有二三四员，竟有一概不识字的情况。一县之政，要想不出于胥吏之手也就难了”。结果地方的行政公事，往往被吏擅断。在官员缺任时。由吏补官就成为再自然不过的补缺办法。元代中下级官员主要靠由吏出职者担任的情况，就是这样形成的，它既满足了元政府对中、下级官员精于“钱谷、转输、期会、工作、计最、刑赏”等具体行政技巧的要求，同时也以越来越大的惰性力量阻遏了可能危及其利益的科举制的推行。
南宋灭亡后，反思亡国之痛的知识分子曾经把“科举程文”看做误国误民的一个大害，说“士风颓弊于科举之业”。但是，当缺乏正统的儒家思想熏习教冶的胥吏令史取代儒生，大批涌入中下层官僚机构时，情况就变得更糟糕了。用当时人的话，他们以刻薄文法、精深簿书相尚，捱蹭岁月，一旦做官，“如猛虎之脱槛、饥鹰之掣”。国家即使有善政良法，付诸实行，也“往往误于胥吏。将以除弊，反足厉民”。这种选拔官员的制度，破坏了官僚素质与封建法度之间的内在和谐，结果既加速了吏治的腐败，也加剧了整个社会状况的恶化。
因此仁宗决意抑吏用儒。皇庆二年（1313），元廷颁行开科举诏，决定于次年在各地举行地方级科举考试（乡试），再次年举行全国性的会试和殿试。举行分试的地方共有17处，取录“乡贡进士”凡300人，其中蒙古、色目、汉人、南人各75名。会试从中取100名，其中四等人各25名。殿试不再黜落，只是重新厘定名次。考试内容以程朱理学对儒家经典的阐释为标准，它与宋金科举注重词章注疏之学的传统相比，发生了很大的改变。程朱理学正是由这个蒙古人做皇帝的王朝倡率，变成中国专制社会中的正统哲学。
古代风景画鉴赏皇庆二年的科举诏，在南北士人阶层中引起极大的刺激和震动。北方从金亡以后，科废已近百年；南方因宋亡停科也已有三四十年了。读书做官的路走不通，士人有的去行医、卖卜、看风水，有的去做生意赚钱，有的进衙门去做刀笔吏求升迁，也有的“独自呆坐在蓬蒿园子、土围墙的屋子里，愦然而已”。很多人靠做学官养家糊口。方回住在杭州，常有四方之士出远门做官，请他写文章赠别。问他们去做什么官，则不是教谕、山长，就是学录、学正或教授。读书人想从学官晋升，获得真正做父母官的机会是很不容易的。辗转岁月，能做到州学中教授的，大概10人中不到三四个，这时差不多要致仕（即退休）了。能做到路学教授的人，不过百分之七八。能做到县主簿这种小官的，不过百分之一二，所以当时做学官的人都有“皓首不调”之叹，他们写诗道：“热选尽教众人取，冷官要耐五更寒。”
正因为这样，科举诏颁，士人一时间都欣喜不已。“废简回春冷灰外，寒窗读赋万山中”；“重期将相公侯选，肯信倡优卜祝同”？有些地方本已科废学散，如今“一朝科复梦惊回，却恨穿杨无妙手”。怅然之余，他们便急忙“摇官船去买官书”，甚至一些年逾古稀的南宋遗老也怦然心动。被誉为“老子复出”的赵仪可这时已75岁，还要应考，“然终不自得”。陈大有是宋咸淳乙丑（1265）进士，行省请他做乡试阅卷官，他执意不就；参加考试不中，当时已经74岁。
延祐二年（1315）的首次京师会试和殿试，就是在这种热烈气氛中开场的。深得仁宗知遇的李孟受命知贡举，他兴奋地赋诗道：“百年场屋事初行，一夕文星聚帝京。豹管敢窥天下士，鳌头谁占日边名？宽容极口论时事，衣被终身荷圣情。愿得真儒佐明主，白头应不负生平。”张养浩也以礼部侍郎预知贡举。有人主张严格取舍，他说：“科场废罢已历百年。一旦使考生由失望而生怨懑，一定不能广收士人之心，恐怕会妨碍今后收罗人才。”在他的坚持下，元廷对被淘汰的考生也授予官秩。发榜后，新进士呈递名刺（即名片）求见。张养浩不见，书《免谢帖》于方寸纸曰：“诸公但思至公血诚以报国政。自不必谢仆，仆亦不敢受诸公之谢也。养浩复。”张家门人即以此纸传谕诸生，一时传为佳话。
延祐占首科取士56人，其中蒙古、色目人16人。终元之世，共举行科举16次，累计取士共1200余人。
皇庆、延祐之初汉法的再推行，被有些历史学家看做是元王朝继忽必烈时期之后的“第二期儒治”，但它从一开始就处在答己太后集团的掣肘之下。这个集团的主要成员之一铁木迭儿，在武宗朝初任宣徽使（时归太后掌管）时就与答己太后关系密切。至大元年，铁木迭儿被外调江西、云南，但是他竟偷偷“离职赴阙”，回到答己身边，被发现；仍以皇太后旨“得贷罪还职”。武宗一死，答己趁仁宗尚未即位，从兴圣宫降懿旨。抢先召铁木迭儿回京，并用为中书右丞相。仅这一年春天，答己以“内降旨除官”即达千余人，其中很多是过去因犯罪被罢废的人。太后这种纵情私欲、浊乱朝政的行为，用儒家学说关于端坐宫闱、“母仪天下”的规范去衡量，相差实在太大。于是朝内朝外自然形成两个对立的政治集团。
仁宗对母后答己的肆行威福，心中显然不满。延祐元年敕内侍只授中官，其中就有制约太后内降旨除授身边亲信的意思。皇庆二年初，太后起用的中书右丞相铁木迭儿“以病去职”。到十二月，以归葬父母规避铁木迭儿的李孟还朝，仁宗立即重新任命他为中书平章政事。不到半年铁木迭儿复出，李孟即行乞退。延祜元年末他虽然仍拜授中书平章，似乎只是为了以中书执政地位主持策试进士的科举，自此即以“衰病”不复任事。仁宗无奈，又起用御史中丞萧拜住为中书右丞，寻升平章政事，希望用他来牵制铁木迭儿。中书省内变动不居的人事更替，曲折反映出帝后间对官僚中枢的暗中争夺。
汉族文人多把仁宗对答己太后的曲意退让奉承为“孝养顺承，惟恐不至”，称赞他“视虞舜而不愧”。其实除了他个性上的原因外，促成帝后之间妥协的另一个重要原因，是仁宗一意改变叔侄相继的先约，要把皇位传给自己儿子的私心。延祐二年十一月，他几经犹豫，终于下决心采取行动。本应当立为皇储的武宗长子和世被封为周王，次年三月置周王常侍府，命随周王道经陕、川之云南就藩。和世到皇宫辞行，若不是有人力谏，连饯行的酒饭也差点吃不到。他行至陕西，利用关中驻军发动兵变，失败后狼狈改道西奔，到阿勒泰山外去投靠察合台后王。遣周王出京的同年年底，仁宗便迫不及待地立自己的儿子硕德八刺为皇太子，并于次年正月诏告天下。汉文记载把仁宗胁迫和世离京就藩、改立己子为皇太子的行为归咎于答己集团，说这是铁木迭儿为“固位取宠”，与答己“定谋禁中”的结果。仁宗改储无疑取得了母后的支持，但他不可能不为此付出代价。差不多与此同时，在河南、江西等地实施的“经理法”也因激起民变而中止。这一挫折更促使仁宗在政治上趋于消极，转而与后党妥协。
延祜经理本来是仁宗推行改革的一项重要经济措施，是通过核实田土占有状况来甄别隐占土地，纠正有地者逃避赋役、无地者产去税存的情况。从延祐元年冬起，元廷遣人分道经理江浙、江西、河南三省田粮。但由于地方吏治腐败，经理官吏奉行过当，针对百姓“自实土田”的检阅与查验活动，到处演变为括田的暴政，有些地方甚至撤毁民房、“夷墓扬骨”以虚增征税亩积，结果在延祜经理最惨烈的江西宁都逼出蔡五九的反元起事。尽管朝廷镇压了起事，但由于怨情沸腾，仁宗被迫下诏，凡在三省中查出的漏隐田土，免征赋税三年；后来又下诏罢征河南新括民田，依旧例输税。延祐经理在当时人们的印象里，变成仁宗在位时期一项重大的劣政。
由于上述种种原因的影响，仁宗即位之初那种一新政治、“风动天下”的锐气，到延祐二三年间便悄然消退。他的个性在内心矛盾的浸逼下变得乖戾多疑。哈剌契丹人回会某次奉召入对，进殿时看见仁宗近臣匆匆退出。他徐缓入殿，只见仁宗神情非常不高兴。这时左右没有他人在场。回会行礼后退立一旁。仁宗不作声，用手势命回会把殿门打开，很久，又用手势命他关上。又过了很久，仁宗命令他取某物敬奉御前。然后回会退出，左右侍臣方重新入殿。第二天，仁宗对他的一个亲信说：“我昨日端坐沉思时，神情显得很忧虑，左右侍臣看见后都吓得溜走了。但回会神色不变。那些溜走的人都是自觉问心有愧。回会自信没有什么亏心事，我也相信这一点。”仁宗对左右的猜忌也许没有什么道理，但他所谓“端居深念，忧形于色”，确实是发自内心的自白。
正是这种心态促使改革在仁宗在位后期明显陷于退坡。原先颁定的一些措施，甚至有收回的。延柘四年六月，敕诸王、驸马、功臣封地。仍旧制自辟达鲁花赤。同月，御史台四十余人联名参劾铁木迭儿受赂六万贯、占夺晋王田产等事。仁宗闻奏，震怒于宫廷，把太师印击碎在地。铁木迭儿躲进太后近侍的家里。仁宗无可奈何，以罢其相职了事。对诸王的滥封滥赏亦复逐渐开始。延祐五年，礼部奉旨铸三公等印竟达26颗。为统一国家政制法程而早在延祐三年已编定的制诏格例汇集，延宕多年没有颁行，也反映出仁宗后期中央政府的疲软和涣散。
这时他倦于政事，关心硕德八剌的顺利继统甚于一切。早在仁宗即位之初，就已为硕德八刺置四宿卫。延祐六年，又连续将原来属于他自己的东宫卫军左卫率府以及新组编的右卫率府划隶于硕德八剌。八月、十月，复以授皇太子玉册、郊祀诏天下。在此前后，他甚至向近臣放出空气说：“我听说前代都有太上皇的称号。现在皇太子已经成年了，可以居大位。我想做太上皇，与你们一起游览西山，以终天年，不是也很好吗？”
延祜七年（1320）正月，仁宗死于36岁上。硕德八剌在祖母扶持下继承皇位，后来被称为英宗。他不幸成为元代历史上第一个权臣弑宫... -->>
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